Модуль менеджера отвечает за расширение функциональности класса объектов, модуль объекта за расширение функциональности объекта.
Например есть справочник Товары, у которого есть элементы товар1 и товар2. Если для всех его элементов, без привязки к кокому либо у нас есть потребность применять какое либо действие(например получить среднюю цену на яндекс маркете) то мы выводим данную процедуру в модуль менеджера и данная процедура становиться "расширением" всего справочника. Например
Справочники.Номенклатура.ПоследняяЦена("Цогурт данон"). В другом случае , кога нам необходимо манипулировать самим объектом мы используем модуль объекта. Например ЭлементСправочника = Справочники.Номенклатура.НайтиПоКоду("123"). ЭлементСправочника.ПечатьКарточкиТовара();